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Les archives anciennes de l'établissement ont été déposées en 1988 aux Archives départementales. Elles couvrent la période de 1708 à la Révolution en débordant largement sur le XIXe siècle pour certains types de documents, notamment pour les registres de vieillards reçus à l'asile Saint-Jean-l'Aumônier (1725-1838). Elles ont été classées et pourvues d'un inventaire détaillé manuscrit par Auguste Castan, en 1882.
Les archives modernes qui font l'objet du présent inventaire, ont été déposées en 2006. Une liasse (cote 54 du fonds des archives du Séminaire) remise par les Archives diocésaines en 2012 est venue compléter le fonds. Elle se trouvait parmi les papiers de la famille Bourgon dont l'un des membres fut président de la commission de surveillance de l'établissement dans la première moitié du XIXe siècle. Les documents qu'elle contenait ont été répartis dans les différentes séries règlementaires, sous les cotes suivantes : HDEP5/L18, L22, M84, P24 et Q101 (archives du XIXe siècle issues de ces 5 cotes) ; HDEP5/O1, HDEP5/S1, HDEP5/Z1 et Z2.

Le fonds présente d'importantes lacunes. En effet, à l'exception de quelques documents, seuls des registres ont été conservés. Parmi les plus intéressants, citons les registres des délibérations de la commission administrative (1817-1968), les registres de la population de l'hospice (1865-1979), les registres des aliénés (1875-1949), les registres de la pharmacie (1909-1951), les registres des prescriptions médicales (1918-1948), les registres des prescriptions de régimes alimentaires (1926-1955).
La comptabilité du XIXe siècle a presque totalement disparu, ainsi que la majeure partie des dossiers concernant le personnel et les bâtiments.
Les sources complémentaires aux Archives départementales du Doubs ne compensent que partiellement ces pertes.

Voir les sources complémentaires

THIEBAUD (Jean), Le Centre départemental de Bellevaux à Besançon : huit siècles d'histoire, 1980, 213 p.
FAIVRE (abbé),« Les Origines de Bellevaux », Bulletin de l'Académie de Besançon, 1882,p. 162. .

Cet inventaire est moissonné selon le protocole OAI-PMH par les Archives de France pour le portail francearchives.fr