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Les institutions judiciaires dont les archives sont classées en série B n'étaient pas que des cours de justice. Elles avaient un rôle de publication des lois et assumaient l'enregistrement de formalités civiles. Elles avaient également des pouvoirs d'administration, leurs décisions ayant force de règlement dans toutes sortes de domaines.
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Table des testaments publiés devant les bailliages et les justices seigneuriales : disponible uniquement en salle de lecture.
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Ces archives ont pour origine première la cour de Spire, qui était la cour souveraine de Besançon au temps où elle était ville impériale, avant l'annexion française. Ce haut tribunal impérial se fixa à Wetzlar en 1693 et les papiers qui arrivèrent de Stuttgart aux Archives du Doubs gardèrent communément le nom de « Wetzlar ». Ce fonds est constitué de dossiers de procédures d'appel engagées par la cité de Besançon ou par ses citoyens du XVIème au XVIIème siècle.
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Répertoire numérique, dactylographié : disponible uniquement en salle de lecture.