Les institutions judiciaires dont les archives sont classées en série B n'étaient pas que des cours de justice. Elles avaient un rôle de publication des lois et assumaient l'enregistrement de formalités civiles. Elles avaient également des pouvoirs d'administration, leurs décisions ayant force de règlement dans toutes sortes de domaines.

Table des testaments publiés devant les bailliages et les justices seigneuriales : disponible uniquement en salle de lecture.

À partir de la fin du XVIIe siècle, la juridiction des affaires forestières et la gestion des bois et des rivières du roi, des communautés et des églises furent de la compétence de deux maîtrises particulières siégeant à Besançon et à Baume et d’une gruerie subalterne à Pontarlier, sous le contrôle d’une chambre spéciale du Parlement.