La série prend en partie la suite de la série D, close en 1789.

Le fichier établi par l'archiviste Jules Gauthier dès le XIXe siècle ayant été jugé périmé, la série connaît plusieurs tentatives de reclassement, notamment pendant les décennies 1960 à 1980. La rationalisation de la numérotation continue, la rédaction d'un cadre de classement et la réalisation d'un répertoire sur fiche en stabilisent alors le classement. Pourtant, le versement du fonds ancien du Rectorat (1986) et le traitement des fonds d'établissements vont contribuer à l'éclatement de cet ensemble continu en sous-séries souvent propres aux Archives du Doubs.

En effet, en principe divisée en 6 sous-série réglementaires, la série T n'en connaît ici que deux conformes au cadre de classement réglementaire des Archives départementales : les sous-séries 1T et 4T, avec des nuances pour la première, qui ne rassemble aujourd'hui qu'une partie des fonds qui devraient lui être rattachés.

Cette série est consacrée au vaste domaine de l'enseignement, à la surveillance de l'imprimerie et de ses activités connexes et aux affaires culturelles.
On ne trouvera en revanche pas ici, comme cela devrait être le cas, les documents relatifs au sport, à la radiodiffusion et aux archives (absents pour les deux premiers et classés dans la sous-série 3T pour les archives).

La réglementation prescrit la distinction des fonds relatifs à l'enseignement dans le classement mais ne propose qu'une seule sous-série pour les accueillir tous (1T), Préfecture, services du ministère chargé de l'instruction publique et établissements d'enseignement général. Cette difficulté explique peut-être le parti adopté en ce domaine.

En effet, si l'on excepte les fonds de la Préfecture, coté en 1T, et du Rectorat, qui constituent la majeure partie de la série T continue, un certain nombre de sous-séries ont été progressivement créées ou attribuées pour distinguer ces fonds ou une partie de ces fonds (parfois simple série organique comme les dossiers d'instituteurs).
Ainsi, celui de l'Inspection académique est réparti en trois ensembles : les registres de traitement des instituteurs et institutrices (2T) et les documents relatifs à l'organisation d'examens (13T), et à la gestion des carrières des instituteurs et institutrices nés avant 1900 (IA). Il est possible que certains documents de l'actuelle sous-série 1T proviennent également de cette administration, bien que les reclassements successifs de la série ne permettent aucune certitude à ce sujet.

Les archives d'établissements n'ont pas été traitées de manière uniforme : deux fonds distincts, l'École normale d'instituteurs et le lycée Pasteur de Besançon, forment la sous-série 14T, d'abord nommée 4T puis recotée lors du classement à part du fonds des affaires culturelles tandis que la sous-série 1T7 est dédiée au fonds du lycée Victor-Hugo (Besançon), partiellement classé. La sous-série 1T9, plus proche de la cotation réglementaire, accueille les archives des écoles primaires collectées dans les communes (dans le cadre du contrôle exercé par les Archives départementales sur les archives des communes). L'École normale d'institutrices (Besançon) d'abord cotée en série T continu, à la suite du fonds du Rectorat, a été recotée en 15T en 2017 suite à l'entrée d'archives produites par cet établissement.

La création de la sous-série 5T a permis de regrouper les archives autrefois dispersées de l'Université et de certaines de ses composantes (facultés de sciences et lettres, écoles de médecine et pharmacie). On y trouvera également des registres relatifs au baccalauréat, en dépit de l'incertitude pesant sur leur provenance exacte.

Attention : Les établissements sont également soumis à la coupure chronologique du cadre de classement et voient donc leurs archives réparties entre les séries T et W (voir cette série).

Le fonds de la Préfecture et celui du Rectorat rassemblent des documents intéressant l'organisation de l'enseignement (institutions chargées d'assister le préfet et le Recteur : conseil départemental de l'instruction publique, comités d'arrondissements, conseil académique ; rapports et enquêtes, arrêtés rectoraux, organisation en temps de guerre), le suivi des établissements (organisation, ouverture, travaux, budgets et comptabilité) et des personnels administratifs ou enseignants (nominations, registres du personnel, etc.). Le fonds du Rectorat concerne également les inspections d'établissements primaires et secondaires (rapports, procès verbaux de rentrées), la gestion des écoles normales (conseils d'administration, comités de surveillance, budgets, discipline, etc.) et l'Université, dont le Recteur est chancelier (conseil de l'Université, budgets et comptabilité, gestion de la Cité universitaire).

Les fonds des établissements, de richesse inégale, rassemblent pour leur part des documents touchant à la vie des établissements (finances, travaux, bibliothèques scolaires, etc.) et des élèves (registres d'appel, registres matricules, dossiers d'inscription, etc.). Seuls les fonds de certains établissements du département, représentatifs ou d'intérêt historique (le collège des jésuites devenu lycée impérial Victor-Hugo, par exemple) ont vocation à être conservés aux Archives du Doubs.

Les archives de l'Université sont essentiellement constituées de documents de gestion (personnel, finances, Conseil de l'Université), auxquels s'ajoutent des registres relatifs au baccalauréat, en dépit de l'incertitude pesant sur leur provenance exacte.

Les archives du Rectorat de l'académie de Besançon ont longtemps été installées dans le grenier de l'ancien palais des archevêques de la ville. Elles y occupaient quatre salles aux conditions de sécurité nettement insuffisantes : accès difficile, rayonnages et sol en bois. Seuls les dossiers du personnel connaissaient un semblant d'ordre.

Par deux fois, les Archives départementales du Doubs ont inventorié des documents sur place :
• en 1970, alors que Jean Courtieu, directeur des Archives départementales, espérant pouvoir bénéficier d'un dépôt annexe à la Saline royale d'Arc-et-Senans, avait chargé un vacataire de recenser les documents anciens susceptibles d'être versés aux Archives départementales ;
• en 1975-1976, lorsque le projet de versement revint à l'ordre du jour.

Le premier état constituait une « photographie » du contenu des rayonnages, simple récolement indiquant la nature des dossiers entreposés, et révélait les traces d'un classement antérieur devenu illisible. Le second, rendu nécessaire par les déplacements et destructions de dossiers intervenus dans l'intervalle, permit de rassembler toutes les archives anciennes, en vérifiant qu'il ne s'en trouvait pas mélangées aux dossiers plus récents (ce qui était le cas, notamment pour des arrêtés rectoraux et des dossiers concernant l'administration académique) et de numéroter tous les articles en suivant le principe de la numérotation continue.

Faute de place, les Archives départementales ne pouvaient alors envisager de recevoir tous les dossiers anciens. Aussi, seuls les dossiers du personnel antérieurs à 1880 furent versés en 1976. Il fallut attendre 1986 pour que le reste du fonds anciens intègre les fonds des Archives départementales.

Le fonds représente un peu plus de 1660 articles pour environ 155 mètres linéaires et pour une période allant le Premier Empire jusqu'à la Deuxième guerre mondiale.
Il est constitué par des dossiers de l'administration académique et notamment les registres de correspondance très importants pour le XIXe siècle, des dossiers concernant les principaux établissements scolaires de l'académie et les dossiers de fonctionnaires (T1336-1533). Le fonds des examens est très riche pour le XIXe siècle, surtout en ce qui concerne les brevets.
Il faut également y ajouter de nombreuses pièces concernant l'Université de Besançon et surtout la Faculté des Sciences, celle-ci ayant été au début de ce siècle installée dans les actuels locaux du Rectorat.
Une mention particulière doit être faite des dossiers concernant la construction de la Cité universitaire de Besançon, quai Veil Picard. Il faut signaler à ce propos que les plans de construction de cet édifice ont été immédiatement versés aux Archives départementales car leur conservation au Rectorat n'était pas satisfaisante.

Une dizaine de dossiers mentionnés dans le répertoire manquent, dont certains ont été prêtés et non restitués (299-301, 559, 561, 680, 824, 958-959).

Les Archives départementales ont effectué avant l'entrée un tri dans un certain nombre de dossiers : élimination des dossiers de Palmes académiques, dont les plus récents remontaient à 1920, et des dossiers de promotion du personnel (environ 40 articles) ; échantillonnage des emplois du temps, des registres à souches de paiement des droits universitaires (quatre conservés : fin du XIXe siècle, début du XXe siècle, Première guerre mondiale, période d'après-guerre), des retenues sur salaires du personnel (échantillonnage par lieu : les préfectures des quatre départements comtois et Montbéliard ; par type d'établissement ou d'administration : administration académique, lycées, écoles normales, facultés), ces documents apportant des précisions sur les traitements qui auraient été sinon perdues.

Le répertoire et son supplément, rédigés dans les locaux de l'administration avant versement sont des répertoires méthodiques : ils suivent un plan d'ensemble et non l'ordre des cotes. Ils ont été simplement fusionnés pour le moment, sans reprise des descriptions parfois très sommaires ou approximatives.
Les éliminations pratiquées lors du versement ont entraîné une rupture de la numérotation, certains numéros d'articles du répertoire (de 1 à 1206) ont été également attribués à des documents décrits dans le supplément : cela signifie sans doute qu'ils ont été repérés après le premier répertoire.
Voir l'inventaire

Les archives concernant le baccalauréat, qui étaient originairement dispersées entre les fonds de l'Université et du Rectorat, ont tous été regroupés en 5 T (table de correspondance en annexe du répertoire).