Dès l'antiquité, Besançon fut le siège d'écoles florissantes. Saint Jérôme les cite et Ausone parle d'un maître Titianus qui y enseigna.
Au moyen âge, l'enseignement fut donné par les couvents et les chapitres : chapitres St-Etienne, St-Jean, de la Madeleine ; la rue de l'Ecole rappelle ces souvenirs.
Après la création des Jésuites, ce furent eux qui eurent la direction des collèges : à Besançon, Dole, Gray, Vesoul (v. plus loin). Il y eut quelques autres établissements d'instruction : à Besançon, le collège Granvelle, fondé par le testament de Nicolas Perrenot de Granvelle, chancelier de Charles-Quint, 1549, dans la maison qui fait l'angle de la Grande-Rue et de la rue de la Bibliothèque. Il comprenait à l'origine deux chaires de belles-lettres, un professeur de théologie et huit bourses ; en 1630, il fut cédé par le Comte de St-Amour aux prêtres de l'Oratoire. Le collège des Bénédictins à St-Ferjeux dépendait de l'abbaye de St-Vincent et prospéra après 1765. A Dole le collège St-Jérôme fondé par Antoine de Roche, prieur de Morteau vers 1495. C'est dans ses salles que se tenaient les états de la province et qu'étaient déposées les archives de l'Université. L'ordre de Cluny y envoyait des élèves destinés à entrer dans son ordre. A Montbéliard, acquis au protestantisme depuis le début du XVIe siècle, le collège fut créé en 1598 par le comte Frédéric. Le comte Georges essaya de la faire ériger en Université. L'établissement actuel fut inauguré en 1735 sous le nom de Gymnase.
Les documents ci-dessous (sauf deux liasses d'ordre général) se rapportent exclusivement à la liquidation des collèges et à leur comptabilité après la suppression de l'ordre des Jésuites, 1761.                                                                                                                                                                 

Bouchot (H). Notice sommaire sur quelques collèges de Franche-Comté, d'après des documents inédits. « Revue franc-comtoise », n° 40, p. 17 et as.
Corneille de St-Marc : notice sur l'histoire de l'instruction publique en Franche-Comté et plus partic. dans le Jura. Extrait Mém. S. E. Jura, 1863, p. 135.

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