Antique juridiction impériale, les vicomté et mairie de Besançon furent accaparées au Moyen Âge par la puissante maison des Chalon sous suzeraineté archiépiscopale. Il ne s'agit en aucun cas d'une juridiction municipale. Après l'annexion du comté de Bourgogne et de la cité de Besançon, le royaume de France créa un bailliage à Besançon et installa un nouveau magistrat de la ville. Comme une conséquence de ces réformes, l'institution fut mise en sommeil en 1681. Le successeur des Chalon, Guillaume III d'Orange-Nassau, roi d'Angleterre, bénéficia de son rétablissement par arrêt du Parlement du 8 février 1700. Mais deux ans plus tard, un de ses principaux créanciers, Louis de Gand de Mérode, prince d'Isenghien, se fit remettre l'ensemble des biens des Chalon en comté de Bourgogne par un arrêt du Conseil d'État du 4 mai 1702. Cette décision clôturait une procédure de décret amorcée vingt ans plus tôt. La possession de la justice de vicomté et ancienne mairie de Besançon fut définitivement reconnue au prince d'Isenghien en 1732.

À l'origine l'institution est séparée en deux cours, la « mairie » et la « vicomté », chacune étant administrée par un juge gouverneur et un lieutenant. Au XVIIIe siècle, après son rétablissement, il n'y a plus qu'un seul juge gouverneur de la cour de « l'ancienne mairie et vicomté de Besançon ». Cette évolution aurait pu être à l'origine d'une séparation des fonds de ces trois cours ou, pour le moins, d'une autonomisation chronologique, le XVIIe siècle en première partie, le XVIIIe siècle en seconde partie.

En fait, au moins dès la fin du Moyen Âge, mairie et vicomté étaient considérées comme une même justice avec à sa tête deux officiers d'égale autorité, siégeant dans les mêmes locaux et partageant le même greffe, un même procureur fiscal représentant en outre les intérêts des Chalon. La cour du XVIIIe siècle est l'héritière directe de ses deux devancières et il existe une permanence manifeste entre la nature des procédures des deux périodes. Il a donc été décidé de rassembler les trois fonds dans un unique classement par procédures, sans rupture chronologique. Cependant, à l'intérieur de chaque série correspondant à un type de procédure, les actes de justice des deux périodes ont été individualisés.

Sous-série 7E Titres de familles

7E2758, inventaire des titres de la maison de Chalon, tome I : folio 29 et suivants, analyses de titres relatifs à la ville de Besançon (XVIIIe siècle).
7E1199 à 7E1202, titres de la maison de Chalon concernant la justice de vicomté et ancienne mairie de Besançon (1270-1698). 

Série G Clergé séculier

G96, inventaire des archives de l'archevêché de Besançon, lettre N : analyse des titres concernant la vicomté et mairie (1689) ; les originaux ont disparu (voir sous-série 1B).
GSUP23, mémoire sur la régalie, la vicomté et la mairie de Besançon (s.d.), conflit entre la régalie et le Magistrat de Besançon (1644). 

Sous-série 1B Trésor des chartes

1B499 à 1B501, titres concernant les rapports entre l'archevêque de Besançon et le comte de Bourgogne au sujet de la garde de la ville (1293-1479). 

Sous-série 3E Notaires

Parmi les minutes des notaires de Besançon qui tinrent le greffe de l'institution, on trouvera des actes de la justice de vicomté et ancienne mairie de Besançon.
Jean Bonnet le jeune: 3E439 à 3E442, minutes (1582-1639).
Jean et Désiré Perrin, père et fils : 3E1326, répertoire chronologique (1630-1676) ; 3E2349 à 3E2360, minutes (1630-1674).
Pierre Mathieu Galliot : 3E2542, répertoire chronologique (1657-1693) ; 3E1374 à 3E1378, minutes (1657-1693).

D'AUXIRON, Essai sur les juridictions anciennes et modernes de Besançon, Besançon, 1772 : p. 23-34.

Cet inventaire est moissonné selon le protocole OAI-PMH par les Archives de France pour le portail francearchives.fr